El Hontanar de San Marcos es uno de los lugares más emblemáticos y de mayor solera histórica de Arnedo y la comarca. Ya se cita en un documento del 15 de abril del año 958, en pleno siglo X. En tal fecha, los hermanos Muza y doña Toda venden por cuatro sueldos arenzos al obispo Tudemiro, muy vinculado a esta zona de La Rioja Baja, una tierra de su propiedad en el término de "Fontanera" (en latín) del Hontanar (en castellano).
Tres siglos después, 25 de noviembre de 1246, Alonso López de Haro y su esposa María Álvarez de los Cameros, propietarios del "Fontanal" con sus términos que se describen, los regalan al monasterio cisterciense de Herce " con los súbditos o siervos sarracenos que allí tenemos para su cultivo".
La Fontanera, el Fontanal y el Hontanar, tres nombres de la misma realidad, era desde el siglo X una alquería o aldea con población musulmana y cristiana. Su importancia era grande, pues el agua de sus hontanares o fuentes servían para regar las zonas de Vico, Candevico, Candepero, La Plantonera, Prado Viejo y otros términos de Arnedo, mediante analizaciones, presas y acueductos quizá de origen romano y árabe, y que, con sus naturales transformaciones han llegado a nuestros días.
El caso de Vico es un caso similar, otra alquería o aldea poblada por "vicini" (vecinos, viqueros), asentamiento agrícola de época romana y después árabe. El paisaje de esta zona del Cidacos se ajusta al modelo de un doblamiento disperso, con abundantes cuevas artificiales, con iglesias rupestres y pequeñas ermitas para sus pobladores cuando la zona fue conquistada por los cristianos en el siglo X.
En el siglo XVI existía ya muy floreciente la cofradía de San Marcos en Arnedo, con una lista bastante completa de sus componentes, antepasados de los arnedanos actuales, como se puede comprobar documentalmente. Era una cofradía del estamento llano o popular.
La imagen de la Virgen de Hontanar original se conserva en las dependencias de la parroquia arnedana de Santo Tomás, y es gótica, de hacia finales del siglo XIII, o comienzos del XIV. En la ermita se daba culto a la Virgen y al evangelista San Marcos. La ermita tenía un santero pagado por la cofradía y que cultivaba sus bienes. En 1652 era santero o ermitaño el arnedano Diego Hernández, ya viudo en esa fecha, con hijos, hijas, yernos y nueras, a quienes deja herederos universales.
Por el Catastro del Marqués de la Ensenada conocemos los bienes que tenía la ermita y la cofradía de San Marcos, una hacienda mediana, que en esa fecha concreta, año 1752, cultivaba el ermitaño o santero Francisco Hernández (posiblemente descendiente del citado Diego Hernández, santero en el siglo anterior), de cuarenta años de edad (en 1752), casado con Antonia Calvo, viviendo en una casa de la Picota. Era secretario de la cofradía Jorge de las Heras. La cofradía tenía arrendadas algunas propiedades a Francisco Martínez-Burbana.
Es famoso en la literatura y tradición española (Quevedo, Feijoo, etc) el toro de San Marcos. En Arnedo es posible que su origen se remonte nada menos que al culto pagano el toro en la época celtibérica, cristianizado en época posterior. Según el Diccionario de Madoz (1850), y testimonio directo personal el P. Manuel Tarazona (1863-1909) todavía en su tiempo de lidiaba "el toro" de San Marcos, que posiblemente en generaciones anteriores se trataba de una lidia real a un toro o novillos de las ganaderías arnedanas de reses bravas.
En cuanto a su historia reciente diremos que la nueva ermita se encuentra ubicada en una zona de pinos conocido popularmente como el pinar de vico en el termino municipal de Arnedo en La Rioja, esta es de reciente realización (año 2002) procediendose a su inaguración el 21de abril de 2003. La construcción de la ermita fue posible gracias a la colaboración popular de los vecinos de Arnedo tanto desde un punto de vista material como económico, además de la ayuda de organismos oficiales tanto autonómicos como municipales. La promotora de la idea para la ejecución del edificio fue la Asociación de Amigos de Arnedo, quien delego en la persona de Vidal Royo Aldama la coordinación y realización de las obras. Junto a la nueva construcción existen las ruinas de la que fue en su día la ermita original que fue desmantelada en el ultimo tercio del siglo XIX y que pertenecio a la cofradia llamada de San Marcos y la Virgen de Hontanar, que tenía por costumbre la celebración de una romería el día 25 de abril y tras la misa el sacerdote y las autoridades locales realizaban el simulacro de torear a una carretilla que representaba a un toro, con la construcción de la nueva ermita y la creación de una nueva cofradia se han retomado estas costumbres.